В природные воды ацетон поступает со сточными водами фармацевтических, лесохимических производств, производства лаков и красок, пластмасс, кинопленки, ацетилена, ацетальдегида, уксусной кислоты, оргстекла, фенола, ацетона.

В концентрациях 40-70 мг/дм3 ацетон придает воде запах, 80 мг/дм3 — привкус. В воде ацетон малостабилен — при концентрациях 20 мг/дм3 на седьмые сутки исчезает.

Для водных организмов ацетон сравнительно малотоксичен. Токсические концентрации для молодых дафний составляют 8300, для взрослых - 12900 мг/дм3; при 9300 мг/дм3 дафнии гибнут через 16 часов.

Ацетон — наркотик, поражающий все отделы ЦНС. Кроме того, он оказывает эмбриотоксическое действие.